Theo đó, Bộ Y tế quy định việc phê duyệt và áp dụng giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh cụ thể trong các trường hợp sau:

Đối với các bệnh viện hạng đặc biệt, bệnh viện hạng I thuộc thẩm quyền quản lý trực tiếp các bộ, ngành: Bộ trưởng Bộ Y tế phê duyệt giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh đối với từng cơ sở.

Đối với trạm y tế cơ quan, đơn vị, tổ chức, trạm y tế quân dân y, phòng khám quân dân y: Áp dụng giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh đã được Hội đồng nhân dân, UBND tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương (sau đây gọi tắt là tỉnh) quy định đối với trạm y tế xã, phường, thị trấn của địa phương đó.

Đối với bệnh xá quân dân y: Áp dụng giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh đã được Hội đồng nhân dân, UBND tỉnh quy định đối với phòng khám đa khoa khu vực của địa phương đó.

Với các bệnh viện hạng II, III, IV thuộc thẩm quyền quản lý trực tiếp các Bộ, ngành còn lại (bao gồm cả bệnh viện quân dân y): Áp dụng giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh đã được Hội đồng nhân dân, UBND tỉnh quy định đối với cơ sở khám bệnh, chữa bệnh cùng hạng của địa phương đó.

Đối với các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh bộ, ngành chưa thực hiện việc xếp hạng thì cơ quan quản lý về y tế của bộ, ngành phối hợp với cơ quan Bảo hiểm xã hội tỉnh thống nhất việc áp dụng giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh đã được Hội đồng nhân dân, UBND tỉnh quy định đối với cơ sở khám bệnh, chữa bệnh cùng hạng của địa phương đó trong thời gian chờ xếp hạng theo quy định của Bộ Y tế.

Theo Bộ Y tế, trường hợp cơ sở khám bệnh, chữa bệnh bộ, ngành thực hiện các dịch vụ kỹ thuật chưa có trong quy định giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh của địa phương thì cơ sở khám bệnh, chữa bệnh bộ, ngành phải thực hiện xây dựng phương án giá theo hướng dẫn của Bộ Y tế và báo cáo Bộ Y tế xem xét, quyết định.

Thông tư này có hiệu lực thi hành từ ngày 15/3/2013 và không áp dụng đối với các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh của Nhà nước thuộc Bộ Y tế và các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh của Nhà nước thuộc địa phương quản lý.