Bộ Công thương cũng kiến nghị Chính phủ chỉ đạo các tỉnh chỉ xem xét cho phép đầu tư xây dựng từ sau năm 2015 đối với 102 dự án thủy điện nhỏ có tổng công suất 662,8MW. Việc Bộ Công thương "ra tay" với các dự án thủy điện nhỏ, có thể coi là việc cần thiết.

Thời gian qua, việc phó mặc quyền tự quyết các dự án cho nhà đầu tư, rồi việc nhiều địa phương chỉ kiểm tra, giám sát các công trình thủy điện… trên giấy dẫn đến tình trạng các dự án thủy điện tư nhân mọc lên như nấm nhưng hiệu quả chẳng được bao nhiêu. Thậm chí nhiều dự án đã gây ra những hậu quả nghiêm trọng. Sự cố hai dự án thủy điện ở Quảng Trị và Kon Tum là những ví dụ về sự thiếu trách nhiệm trong quản lý của các cơ quan chức năng địa phương.

Nghiêm trọng hơn, sự phát triển "nóng" của thủy điện nhỏ đã khiến môi trường biến đổi, hệ động thực vật bị mất môi trường sống tự nhiên. Bên cạnh đó là hàng loạt tác động tiêu cực khác như: thay đổi dòng chảy, cảnh quan môi trường… dẫn đến cuộc sống của người dân bản địa và người dân sống ở vùng hạ lưu bị ảnh hưởng nghiêm trọng, môi trường sống thay đổi, những giá trị văn hóa dần phai nhạt, thậm chí vĩnh viễn mất. Chưa kể, ô nhiễm nước sông do xả chất thải rắn và chặn dòng đang ảnh hưởng trực tiếp đến người dân. 

Các nhà quản lý nói rất nhiều đến phát triển thủy điện bền vững, nhưng thực tế, người ta đã không xem xét yếu tố biến đổi khí hậu như một tiêu chí bắt buộc đối với việc phát triển thủy điện bền vững. Việc thẩm định tính hiệu quả của các dự án thủy điện nhỏ không được thực hiện chặt chẽ, nghiêm túc. Đặc biệt các nhà quản lý đã không cân đối được những lợi ích kinh tế mà các dự án mang lại với mất mát, hệ lụy mà cộng đồng phải gánh chịu. Đến khi xuất hiện ồ ạt các dự án thiếu khả thi, thậm chí gây nên những hậu quả nghiêm trọng, các cơ quan chức năng mới vào cuộc. Như vậy là đã muộn; tuy nhiên, muộn còn hơn không.

Đối với các dự án thủy điện, đặc biệt là thủy điện nhỏ, các nhà quản lý cần rút kinh nghiệm từ những sai lầm. Trách nhiệm đối với xã hội phải được đặt lên hàng đầu trong việc giải quyết vấn đề kinh tế và văn hóa đối với các công trình thủy điện. Thủy điện một mặt đem lại lợi ích cho quốc gia nhưng mặt khác lại mang đến nhiều hệ lụy đối với người dân. Giải quyết mâu thuẫn này không phải dễ dàng, nhất là trong tình trạng mọi sự đã rồi như hiện nay, nhưng cần được đặt ra bởi nó là vấn đề thực sự bức xúc và cấp bách.

Thủy điện là một trong những nguồn bảo đảm an ninh năng lượng quốc gia. Nếu chỉ phát triển khí và nhiệt điện sẽ không đủ cho yêu cầu của nền kinh tế, do vậy, việc ngừng phát triển thủy điện nhỏ cũng sẽ dẫn đến những hệ lụy. Đây là bài toán khó. Vấn đề đặt ra là các nhà khoa học, các nhà quản lý phải tìm mọi cách để cân bằng lợi ích của thủy điện, đặc biệt là thủy điện nhỏ với sự thiệt hại mà địa phương phải gánh chịu. Trước mắt, cũng còn rất nhiều vấn đề đối với các thủy điện nhỏ cần được mổ xẻ để giải quyết, tránh xảy ra những hậu quả nghiêm trọng như thời gian vừa qua.