Ông Phan Thanh Hùng được xem là cộng sự ăn ý nhất của HLV Calisto. Lần thứ hai dẫn dắt tuyển Việt Nam năm 2008, ông Calisto đã chọn ông Hùng làm trợ lý số một. Sau khi vô địch AFF Cup 2008, ông Calisto từng thổ lộ đóng góp của trợ lý Hùng là rất lớn. Năm 2009 ông Hùng tiếp tục là cộng sự số một của HLV Calisto giúp U23 Việt Nam giành HC bạc SEA Games. Năm 2010 ông Hùng được HLV Calisto giao toàn quyền quyết định chuyên môn ở đội U23 trong quá trình chuẩn bị cho Asiad 16.

Kết thúc Asiad, ông Hùng nghỉ ngơi vài ngày rồi trở lại Hà Nội sát cánh cùng HLV Calisto ở đội tuyển quốc gia chuẩn bị cho AFF Cup 2010. Tuy nhiên mới đây ông Hùng đã từ chối trở lại đội tuyển vì CLB Hà Nội T&T - đơn vị chủ quản, không đồng ý. Hà Nội T&T dưới tay HLV Phan Thanh Hùng đã vô địch V-League 2010. Trong năm tới, CLB này đặt mục tiêu bảo vệ chức vô địch V-League và chơi tốt ở AFC Cup.

Đặt mục tiêu cao nhưng Hà Nội T&T lại khủng hoảng HLV trong quá trình chuẩn bị. HLV trưởng Phan Thanh Hùng được giao nhiệm vụ dẫn dắt U23 Việt Nam trong khi trợ lý Trần Văn Khánh được ông Calisto tin tưởng giao phụ trách huấn luyện thủ môn ở đội tuyển Việt Nam. Tập trung từ cuối tháng 10 nhưng nhiệm vụ huấn luyện của Hà Nội T&T chỉ do hai trợ lý Văn Sỹ Sơn và Chu Đình Nghiêm đảm nhiệm. Vì lẽ đó, ông bầu Đỗ Quang Hiển đã quyết định rút HLV Phan Thanh Hùng về Hà Nội T&T. "Gắn bó với đội tuyển nhiều năm, vì thế nói lời chia tay là quyết định rất khó khăn. Nhưng tôi còn có trách nhiệm với Hà Nội T&T - đội đang ở giai đoạn chuẩn bị rất quan trọng. Tôi phải dành thời gian cho CLB. Xin chúc tuyển Việt Nam tập luyện và thi đấu tốt", HLV Phan Thanh Hùng phát biểu.

Trợ lý Phan Thanh Hùng là người thứ năm nói lời chia tay tuyển Việt Nam trước thềm AFF Cup vào tháng 12. Trước đó tiền vệ Xuân Thành, trung vệ Chí Công, thủ môn Mạnh Dũng đã xin nghỉ vì cảm thấy không có cơ hội thi đấu ở đội tuyển. Mới đây vì chấn thương tiền đạo Công Vinh cũng đã rút khỏi tuyển Việt Nam. Mất nhân sự trong khi chấn thương của trung phong Việt Thắng chưa chắc đã kịp bình phục hoàn toàn, khả năng bảo vệ chức vô địch Đông Nam Á của tuyển Việt Nam đang bị nghi ngờ.

Ông Calisto cho biết sẽ hội ý với Liên đoàn bóng đá Việt Nam và lãnh đạo đội Hà Nội T&T về trường hợp của trợ lý Phan Thanh Hùng.

Sáng 22/11 tuyển Việt Nam sau một ngày nghỉ ngơi sẽ di chuyển vào Vinh đấu trận giao hữu cuối cùng trước AFF Cup 2010 với CLB Sông Lam Nghệ An.